DM81 - Evolutionstræer

Forår 2005
Lene Monrad Favrholdt

2. februar:

Vi diskuterede evolutionstræer overordnet: hvad kan de bruges til, og hvilke modeller og metoder kunne man forestille sig?

10. februar:

Fiona gennemgik kapitel 1, og Brian gennemgik kapitel 2.

17. februar:

Jonas gennemgik starten af
Brodal, Fagerberg, Ostlin, Pedersen, Rao
Computing Refined Buneman Trees in Cubic Time
Vi kom nogenlunde igennem grundideerne i algoritmen.

24. februar:

Jonas og Rasmus gennemgik pseudokoden i Figur 2 i Buneman-artiklen.
Fiona gennemgik Splits-Equivalence Thm. i kapitel 3.

3. marts:

Rasmus gennemgik resten af pseudokoden - dvs. Figur 3.
Fiona gennemgik resten af kapitel 3.

10. marts:

Rune gennemgik det meste af kapitel 4.

17. marts:

Jeg var syg, så kun Brian og Rasmus dukkede op.

31. marts:

Brian fortalte om parsimony (kapitel 5).
Udleverede kopier: algoritmerne på s. 174 og 175 svarer til dem, Brian gennemgik. Læs selv om branch and bound, og stil gerne spørgsmål!

7. april:

Jonas var desværre ikke klar til at gennemgå kapitel 6. I stedet blev de fire fremmødte delt i to hold: Jonas og Rasmus diskuterede indholdet af afsnit 6.1-6.4, og Brian og Rune diskuterede afsnit 6.6-6.8. Ideen er, at hvert af de to hold næste gang bruger ca. 30 minutter på at gennemgå hovedpointerne i deres afsnit. Da Brian er den eneste af de fire, som har haft om NP-fuldstændighed, tog jeg mig af afsnit 6.5 - det kommer jeg til at bruge ca. 10 minutter på næste gang. På den måde bliver der tid til, at grupperne kan starte med at bruge 10 minutter på at genopfriske og koordinere inden fremlæggelserne.

Vi aftalte, at vi fra og med d. 21. april afprøver følgende model: I første time inddeles deltagerne i to grupper, som koncentrerer sig om hver sin halvdel af dagens stof. I anden time fremlægger en eller flere fra hver gruppe hovedpointerne i gruppens del af teksten.

Samtalen i første time kan indeholde: "Forstod du det her?", "Skal det her forstås på den her måde?", "Jeg synes, det her er en af de vigtigste ting i kapitlet", "Jeg synes, det her er spændende, fordi...", "Har det her ikke noget at gøre med...?", "Er det ikke det samme som...", "Kan det ikke bruges til...?", "Kan det ikke kombineres med...?", find selv på flere...

Meningen med fremlæggelserne i anden time er at fremhæve hovedpointerne og kaste lys over de sværeste dele - det kan i princippet fungere som en læsevejledning: "det her skal du lægge mest vægt på, og det her er måske lidt svært, men den overordnede ide er...". D.v.s. selvom der ikke er tid til at gennemgå alle detaljer, har man et godt grundlag for selv at gå hjem og læse og forstå dem.

14. april:

Grupperne snakker sammen internt og gør sig klar til at gennemgå dagens tekst - 10 min.
Jonas og Rasmus giver et overblik over afsnit 6.1-6.4 - ca. 30 min.
Lene giver et overblik over afsnit 6.5 - ca. 10 min.
Brian og Rune giver et overblik over afsnit 6.6-6.8 - ca. 30 min.

21. april:

Timerne flyttes til onsdag d. 4. maj eller fredag d. 6. maj. Send en mail til mig om, hvornår du kan.

28. april:

De udleverede kopier (afsnit 7.1-7.3, 7.5 og 7.8) gennemgås som beskrevet under 7. april.

4. maj:

Vi mødes kl 8:15 i U44.
Vi snakker om afsnit 1.3 og afsnit 8.1-8.3 i de udleverede kopier.
I ugeseddel-holderen er der kopier af en tekst, der giver lidt mere af den biologiske baggrund.

5. maj:

Kr. Himmelfart

12. maj:

Husk, at vi i denne uge mødes i U28.
Vi gennenmgår afsnit 8.4 i kopierne.

19. maj:

Husk, at vi i denne uge mødes i U28.
Vi gennenmgår afsnit 8.5 og 8.6 i kopierne.

26. maj:

Vi snakker om "genome rearrangements" (afsnit 5.1-5.4 i kopierne, der blev udleveret d. 19. maj).